След задълбочено и всестранно изследване на наличните данни и проверка на различни хипотези , междуведомствената комисия е стигнала до заключението , че на-вероятна причина за възникване на проблема е въздейстивето на тежки заредени частици от космическото пространство на електрониката на сондата , което е довело до отказ на електрониката.

В комисията е имало няколко работни групи
- група по анализа на наличната информация за полетните изпитания на КА
- група по оценка на правилноста на конструкторските решения, използваните технологии
- група по комплексен анализ и обобщение нарезултатите
Освен това са били привлечени независими експерти от Роскосмос, РАН , МГУ и Министерството на отбраната.
Според направеният анализ по време на 1 и 2 завъртане ( както е било по план ) апарата е работил в нормален режим, след което е възникнал проблем.
След възникването на проблема , апарата е преминал в режим 'постоянно ориентиран към Слънцето'
в периода 9-24 ноември КА е подържал нормален енергобаланс
от 24 ноември е за почнало нарушаване на енргобаланса , по причина на това , че предавателя не е бил изключен .
на 29 ноември всички резерви са били изчерпани
подържането на орбитата на КА може да е било резултат от работите на двигателите за ориентация.
загубата на енергобаланса е довела до загуба на управлението на КА.

Проведеният анализ на възможните варианти за отказ на система или агрегат е показал , че причината е станало презареждането на двата комплекта ЦВМ22 ( цифрова изчислителна система ) , които са изпълнявали на този участък от полета управлението на 'Фобос-Грунт', след което е станало прекъсване на нормалната последователност на 'действия' - циклограмата на полета и апарата е преминал в режима на постоянна ориентация към Слънцето.
Най-вероятния фактор , който може да е станал причина за двойният рестарт е локалното въздействие на тежки заредени частици от космическото пространство